השנה היא 1957, המלחמה הקרה בשיאה וג‘ונס יוצא יחד עם אחד הסטודנטים שלו לפרו כדי למצוא את גולגולת הבדולח — פריט מסקרן בעל כוחות על טבעיים המיוחס לגורמים שמחוץ לעולם הזה. על השליטה בממצא מתמודדת מולם חוקרת סובייטית השואפת להשתמש בגולגולת כדי לנצח במאבק הקשוח שבין מזרח למערב. גם מקץ עשרים שנה משמרת סדרת אינדיאנה ג‘ונס את העולם שנברא בתוכה — שפע של מסעות, כשפים, הרפתקאות — עולם בו עלילה מן הסוג הנ“ל יכולה להשמע הגיונית. שפילברג ופורד מחזירים את אינדיאנה ג‘ונס בדיוק כפי שהיה: גברי, חסר סבלנות אבל ליבו תמיד במקום הנכון.