1962. אדולף אייכמן מורשע בפשעים נגד האנושות במשפט אמוציונלי שמתקיים בירושלים. מדינת ישראל הצעירה עומדת לבצע את ההוצאה להורג הראשונה והאחרונה שלה באמצעות תלייה, שריפת הגופה ופיזור האפר מחוץ למים הטריטוריאליים של ישראל. אבל לישראל אין משרפה. האירוניה לא נעלמת מעיני הרשויות – ישראל צריכה לבנות קרמטוריום. "יוני אפס", המבוסס על אירועים אמיתיים, מציג את הימים שלקראת ההוצאה להורג דרך עיניהם של שלושה גיבורים בעל-כורחם: קצין שב"ס המתבקש לשמור על חייו של הנידון למוות, ניצול שואה החוזר לראשונה לפולין, וילד פועל, שלוקח חלק בבניית התנור.